肺部真菌感染大部分是比较好治疗的，但是要看感染真菌的类型以及耐药性和个人的身体情况。
肺部真菌感染可以使用抗真菌的药物治疗，轻度的可以口服抗癫痫的药物，严重的可以通过静脉输液的方法使用抗真菌药物治疗，大部分真菌感染都可以得到有效的控制。但是如果真菌耐药性比较强，有可能抗真菌的药物效果并不理想，这种情况治疗起来就比较难。需要做细菌学培养查找真菌的耐药性，看看对哪种抗菌药物比较敏感，再选择合适的敏感的抗菌药物治疗。
肺部真菌感染大部分见于身体免疫力低下以及长期滥用抗生素的患者。特别是身体免疫力低下的患者，会出现反复的真菌感染等，这种情况治疗就比较难，而滥用抗生素的患者要注意避免滥用抗生素，防止体内出现菌群失调诱发真菌感染，要注意多锻炼身体增强体质。
