半夜两三点咳嗽有可能是咳嗽变异性支气管哮喘，也有可能是反流性食管炎以及鼻炎、支气管炎、肺炎等原因导致。
夜间咳嗽如果白天身体正常并且咳嗽呈刺激性干咳，有可能是咳嗽变异性支气管哮喘。主要是夜间交感神经受到抑制副交感神经兴奋引起的支气管收缩痉挛，所以就会引起刺激性的咳嗽。咳嗽变异性支气管哮喘的患者大多有过敏病史，比如有过敏性鼻炎等。有时候闻到特殊的气味以及吸入粉尘都有可能会诱发急性咳嗽。
有反流性食管炎的患者由于夜间胃里面食物减少，而睡觉的时候体位改变，食管和胃处于相同的水平位置更容易加重胃酸反流，所以就会导致胃酸反流到咽喉，刺激咽喉部而引起干咳。这种情况会伴有反酸烧心等临床症状。治疗主要是使用制酸的药物以及促进胃动力的药物，减少胃酸反流。
有些有鼻炎的患者夜间睡觉的时候，会出现鼻后滴流，鼻涕流到咽喉或者气管的位置，刺激咽喉和气管就会引起咳嗽。这种患者一般会伴有鼻塞流鼻涕等临床症状。
有些支气管炎、肺炎的患者也有可能会在夜间出现咳嗽。这部分患者白天也可能会有咳嗽的症状。会伴有咳痰发热等临床表现。
