怀孕6周有少量褐色分泌物，可能的原因和处理措施包括以下几点：
因黄体功能不全，引起孕激素水平不足，导致少量褐色分泌物流出。明确诊断后使用黄体酮注射液或黄体酮胶囊进行替代治疗。
染色体异常、病毒感染、药物副作用等导致胚胎发育异常或停育，引起少量出血。一旦明确诊断，一般都需要及时终止妊娠。
子宫肌瘤或子宫内膜息肉等疾病，导致宫腔内环境影响异常，影响胚胎发育，出现少量褐色分泌物。一旦明确诊断，需要进行保胎治疗，一方面卧床休息，另一方面补充孕激素，较大的子宫肌瘤需要择期手术。
怀孕期间不注意个人卫生，导致病原菌侵入生殖系统，引起感染性疾病，炎症刺激导致局部充血、水肿、红细胞渗出，出现少量褐色分泌物。建议使用抗菌药物进行抗感染治疗，比如头孢曲松钠。
比如怀孕早期合并血小板减少性紫癜，引起少量褐色分泌物。建议卧床休息，并且积极治疗原发疾病，比如使用利可君片促进血小板合成。
比如怀孕期间使用了肝素等抗凝剂保胎，有可能出现这种现象。确诊后需要考虑减少药物剂量或停药。
