生理盐水用正确的方法冲洗眼睛，对眼睛是没有危害的。如果操作不当可对眼睛产生危害，常见的危害如下：
单只眼睛存在结膜炎的患者，用生理盐水冲洗眼睛，如果操作不当，可以使患有结膜炎的眼睛内的分泌物通过冲洗流入到另一只健康的眼睛内，引起交叉感染，使另一只眼睛也患有结膜炎。
用生理盐水冲洗眼睛时，如果压力过大，可以导致角膜上皮出现点状或片状脱落，出现眼痛、流泪、畏光等现象。
反复用生理盐水清洗眼睛，可导致泪液质和量出现异常，使泪膜的稳定性下降。可以出现眼干、眼涩等眼部不适，严重者可伴有眼表组织损害。
如用带有针头的注射器冲洗眼睛，在冲洗过程中如果操作不当，针头不慎落入眼睛内，可以刺伤结膜和角膜，导致结膜和角膜的损伤。伴有继发感染时可以导致角膜炎、角膜溃疡，引起视力下降，严重者可伴有失明等症状。
用生理盐水冲洗眼睛时，如果生理盐水被污染或者是操作者的双手没有清洗干净，可以把细菌带入眼睛内，引起结膜炎。
