引起头顶一阵阵的刺痛的原因包括以下几方面，通常需要针对不同病因给予不同治疗。
由于头顶受到了外伤，而是部分皮肤或者软组织受损，就有可能会引起头顶一阵阵的刺痛，但是这种情况通常经过一段时间的恢复或者外科缝合清创等治疗之后就能够治愈，当疼痛加重时适当的给予止痛药物能够缓解，预后比较好，而且不遗留后遗症。
如果是颅脑内的血管发生了病变，或者是颅脑内出现了感染等情况，也有可能会导致头顶部出现一阵阵的刺痛，但是这种情况通常需要治疗的时间比较长，预后也比较差，甚至有可能会遗留后遗症患者，在出现这种头痛的症状时，同时还有可能伴随有其他的症状，比如发热、恶心、呕吐或者肢体功能障碍。此时可通过服用抗感染的药物进行治疗，如万古霉素等。
当颅脑的神经受损时，有可能会引发头顶一阵阵的刺痛，比如病毒感染导致的神经炎，又或者是糖尿病引起的自主神经功能紊乱，还有可能是由于体内激素水平变化或者是植物神经紊乱而导致的神经损伤。通常需要长时间进行神经的修复，主要是需要给予改善血液循环、营养神经的药物治疗，如舒血宁、甲钴胺等。同时配合以针灸、理疗治疗等恢复会更快。
情绪紧张、睡眠不足等因素引起的血管紧张性头痛，通常也有可能表现为一阵阵的疼，这种疼痛与血管的搏动规律相一致。通过改善睡眠缓解情绪以及适当的休息，能够使头痛好转，但是有可能会反复的发作。
由于服用某些药物有可能会对脑血管或神经造成刺激，从而引起头顶一阵阵的刺痛，在戒断某些有依赖性的物质时，也有可能会引发头顶一阵阵的刺痛。这些都可以归类为药物或毒物的影响。此时应该停用此类药物或者换用其他作用相似的药物。
有些全身性的疾病有可能会引起头顶一阵阵的刺痛，比如发热、感冒，在退热或者感冒好转之后，这种疼痛就会好转，服用解热镇痛药就能够使疼痛缓解。
