小孩百日咳有可能会落下病根，比较常见的有以下并发症：
- 小儿百日咳发生时免疫功能进行性下降，就容易再次发生感染，从而导致支气管肺炎的发生。
- 小儿百日咳剧烈咳嗽时容易出现误吸的情况，从而导致吸入性肺炎的发生，就可能会导致咳嗽反复、病情迁延，甚至出现窒息的可能。
- 感染百日咳后导致肺通气以及换气障碍，容易导致肺气肿的情况发生，严重的容易出现气胸，需要注意观察，必要时积极进行胸片检查明确。
- 部分百日咳的小孩剧烈咳嗽时容易导致脑部缺氧、出血，而且百日咳毒素容易损害脑细胞，从而发生百日咳脑病，容易留下神经系统后遗症，大部分是不可逆的。
- 百日咳的小孩营养摄入不足而且营养丢失过多，夜间睡眠质量比较差，容易导致营养不良、免疫功能低下、生长发育落后等情况。而且还可能会导致基础疾病加重，比如恶性肿瘤发生扩散，肺结核恶化发生全身结核感染，甚至出现死亡等。需要注意观察，积极进行治疗。
