涂氟和窝沟封闭的区别比较多，如原理不同、材料不同、范围不同、间隔时间不同等。
涂氟是将加入氟化物的有机溶液涂在牙齿的表面，可以预防龋病。窝沟封闭则是在不去除牙体组织的情况下，在颌面、颊面以及舌面的点隙和裂沟内进行封闭，以达到保护牙釉质不受细菌以及代谢物侵蚀的目的。
涂氟是利用含氟的化合物，也可使用含氟的凝胶或含氟的涂料。窝沟封闭则是使用黏性比较好的高分子材料进行封闭。
涂氟时可以将含氟的涂料、凝胶或者泡沫涂抹于整个牙面，起到使整个牙面都预防龋齿的作用。窝沟封闭则主要是将材料用于窝沟、缝隙处，可起到局部预防的效果。
涂氟建议儿童3-6个月涂一次，定期的涂氟也可起到预防龋齿的作用。儿童在2-3岁时即可进行乳牙的窝沟封闭，但恒牙封闭通常需要在6-8岁左右，第二磨牙封闭一般在12岁左右，窝沟封闭之后，儿童的牙齿更容易清洁。
涂氟和窝沟封闭可以同时进行。
