子宫内膜异位症属于相对来说比较难治的疾病，比较容易复发，很难彻底治愈。治疗的目的主要是缩减和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发。
异位内膜可侵犯全身的任何部位，比较常见的是卵巢、宫骶韧带。由于子宫内膜异位症属于激素依赖性疾病，因此女性在自然绝经后，异位的内膜会逐渐萎缩，或者也可以通过药物达到人工绝经的目的，但是停药后症状可能会重复出现。
子宫内膜异位症的治疗方法主要是通过药物或者手术进行治疗。药物治疗可以抑制卵巢功能，阻止异位症继续发展。比如可以服用非甾体类抗炎药、避孕药、孕激素受体拮抗剂等。而且用药持续的时间比较长，有可能会导致恶心、呕吐，对肝肾功能的影响比较大，还有可能导致血栓。
手术治疗的目的是切除病灶、恢复解剖位置。适用于药物治疗后，症状不能得到缓解、局部病变出现加重、生育功能未恢复者或者有较大的卵巢内异位囊肿者。治疗子宫内膜异位症的金标准是采用腹腔镜确诊、手术加药物治疗。
子宫内膜异位症患者除了根治性手术，其他的治疗方法都有复发的可能，所以治疗有一定的难度。
