胃食管反流病（GERD）可以引发多种临床疾病，可能引起超过100种不同的疾病。其中约有一半的病人表现为消化系统的症状，包括反酸、烧心、胃胀、打嗝、口苦、口臭、口腔异常感觉，以及胸痛、背痛等症状，这些症状有时会被误诊为心脏病。
除了消化道的症状，胃食管反流病还可能引起食管外症状，包括：
耳鼻喉科疾病：慢性咽炎、声音嘶哑、声带结节、喉痉挛、咳嗽、咽异物感、咽喉部疼痛、烧灼感、吞咽障碍，甚至可能发展为癌前病变，如声带白斑，以及咽喉部肿瘤，如喉癌、鼻咽癌、扁桃体癌、鼻窦癌等。
呼吸道疾病：慢性咳嗽、支气管炎、哮喘、肺气肿、肺心病、肺纤维化、支气管扩张等。
心脑血管问题：胃食管反流病可能刺激神经，导致交感副交感平衡失调，引起血管痉挛。作用于冠状动脉可能引起心绞痛甚至心肌梗死；作用于脑血管可能引起脑血管痉挛、脑缺血甚至脑梗死。此外，还可能引起全身血管痉挛导致血压升高，或刺激迷走神经引起全身血管舒张，导致血压下降甚至晕厥。
