根据个人体质不同，自身免疫性肝炎的病情发展程度也不同，故其严重程度也不同。
体质强健的患者，发病后的各项症状可能较轻，如轻微的黄疸、食欲不振等，可在医生的建议下使用醋酸泼尼松、硫唑嘌呤等药物，抑制免疫应答，缓解症状，一般预后良好，可恢复正常的生活，这种情况下自身免疫性肝炎不算严重。
有些患者病情发展迅速，除了黄疸、恶心、呕吐、出血等症状，还会波及其他组织器官，导致关节疼痛、甲状腺炎等并发症，甚至在药物治疗后仍得不到缓解，肝细胞长期受损，最终引发肝硬化。这种情况下自身免疫性肝炎算是严重的。
