颅咽管瘤手术的后遗症有内分泌失调、尿崩症以及功能性障碍等。
有可能会影响到垂体的功能，手术后会导致垂体功能受损，并且产生激素水平分泌的变化，从而引发内分泌失调。如头晕乏力、食欲下降等，女性可能会导致月经的紊乱，男性可能会出现乳房发育现象。
手术中容易损伤到下丘脑，造成抗利尿激素的分泌减少，尿量会增多，从而导致术后很容易出现尿崩症的，这种后遗症较为常见。这种后遗症是可以预防的，患者在手术后可以使用药物治疗尿崩症，如醋酸去氨加压素片，严重的患者，手术后可使用垂体后叶注射液。术后注意水的摄入，水和电解质达到平衡才能预防尿崩症。
通常的功能性障碍主要有视力的问题，主要是患者在术后，颅内压降低或手术过程中视束神经损伤导致的。
后遗症的不同，引起原因也会不同，需要医生根据患者手术后出现的症状，进行针对性的处理，建议出现后遗症时应在医生的指导下进行用药，避免乱使用药物。
