益生菌对消化道的溃疡是有作用的，对口腔等溃疡一般没有太大治疗效果。因为益生菌可以抑制有害菌的生长，对修复消化道溃疡处的黏膜是有好处的。
消化道的溃疡大部分是感染导致的，比如胃溃疡、十二指肠溃疡，大部分和幽门螺杆菌感染有关。通过补充益生菌可增加肠道有益菌，能够抑制有害菌的生长，从而使幽门螺杆菌的数量减少，对胃黏膜和十二指肠黏膜的侵袭性就降低，这种情况下就有利于溃疡的恢复。
有胃溃疡、十二指肠溃疡的患者首先应该进行四联疗法根除幽门螺杆菌，同时可以服用益生菌抑制有害菌的生长，达到促进溃疡恢复的目的。
