胶囊内镜不能替代胃肠镜检查的，主要应用于胃肠道疾病的筛查。
胶囊内镜属于一种无创性的检查方式，较为舒适，在检查之前需要进行肠道准备，可以记录观察胃肠道黏膜的形态颜色等。胶囊内镜检查不能替代胃肠镜检查。传统的胃肠镜检查可以判断食管、胃以及肠道部位的病变，并且可以在检查同时进行活组织检查，也可以在肠镜下开展疾病的治疗。这些作用是胶囊内镜检查所不能替代的。
目前（2022年3月）临床上胶囊内镜主要应用于小肠的检查，不能替代传统的胃镜或者肠镜检查的，检查前需要口服泻药，清洁肠道，避免影响检查的准确性。
