肾囊肿发病机理比较复杂，相关病因还不是很清楚。肾囊肿主要是指单纯性肾囊肿，广义的囊肿样肾病还包括有多囊肾。而多囊肾，它发病原因主要是常染色体显性遗传和常染色体隐性遗传的多囊肾，属于遗传性疾病，病因相对清楚。
而单纯性肾囊肿是后天获得的疾病，主要是退行性病变，单纯性肾囊肿考虑是因为肾小管憩室形成。随着年龄增长，肾小管憩室越来越多，所以单纯肾囊肿随着年龄增长发病率逐渐升高。肾囊肿可以是单侧，也可以是双侧，可以是一个也可以是多个，一般位于皮质深层或者是髓质。
其中单纯性肾囊肿一般对肾功能和周围的组织脏器影响不大，而多囊肾对肾功能和血压有一定的影响，有些甚至会发展到终末期肾衰，需要做透析治疗。
