生殖器疱疹的症状主要有以下方面：
本病潜伏期为4至7天，发疹前后有发热、头痛、全身不适，骶部神经可感觉异常。原发感染消退后，机体抵抗力下降，或受凉、发热、情绪激动、月经或机械刺激时，处于潜伏、休眠状态的病毒将被激活，再度发病。
女性发病主要发生于大小阴唇、阴蒂或宫颈处，先出现红色丘疹，可变成小水疱，疱疹半透明，内含黄色液体，抓后极易破溃糜烂，可有灼热疼痛感，也可能出现继发感染、腹股沟淋巴结肿大，有压痛，但多不化脓。男性生殖器疱疹多发生在阴茎龟头、冠状沟、阴囊、包皮等处，偶尔也波及尿道，引起尿道炎等。
