病毒性角膜炎在治疗时有一定的难度，疗程相对较长，容易反复。临床上大部分角膜炎患者通过有效治疗后可以康复。但由于病毒潜伏于机体，受到抵抗力低下等因素的影响，可能会导致病毒性角膜炎再次发生。对于反复发作者，往往需要长期间歇性进行治疗。
如果在病情发生后，并未采取有效的治疗，随着病情逐渐进展，可能会对角膜造成不可逆转的伤害，不仅会增加失明的风险，而且也会导致治疗难度增大。
病毒性角膜炎者在治疗的前期，还应注意每周复查一次，达到预期效果后，可每月复查一次，病情稳定后每年复查一次。
