系统性红斑狼疮属于一种慢性自身免疫性疾病，重症的患者需要在医生指导下首选糖皮质激素进行治疗，糖皮质激素具有强大的抗炎和抗免疫作用，要根据患者的病情，决定激素的用量和疗程。
如果单纯应用糖皮质激素药物效果不佳，也可联合免疫抑制剂来共同治疗，有部分重症患者还需要应用人免疫球蛋白进行输注，或者通过血浆置换等方法进行治疗，目前还有应用单克隆抗体的治疗。
如果重症系统性红斑狼疮的患者合并有感染，需要积极应用抗感染的药物进行治疗；若患者如果合并有抗磷脂综合征，往往需要终生抗凝治疗。
