纵隔肿瘤可以发生在前纵隔、后纵隔、上纵隔等不同部位。不同部位的纵隔肿瘤手术后会有不同的并发症。因为手术原则为完整清除病灶，避免肉眼可见的或镜下微小的肿瘤残留，这就有可能造成一定的组织损伤，不可避免地损伤到与肿瘤紧密相连的神经、血管或者其它脏器。
如果肿瘤侵犯了上腔静脉、无名静脉，手术以后血管切除会造成肢体、颜面的水肿，影响膈肌，造成膈肌的瘫痪、呼吸困难，影响喉返神经会造成声音嘶哑等，这都和肿瘤的发病部位、手术方式有关。如果侵犯到交感神经，切除后损伤交感神经以后可能一直没有汗、眼睑下垂、眼球突出等，称为Horner综合征。
如果与脊柱紧密相连，特别是跟椎间孔神经根紧密相连，直接损伤到脊柱可能会造成肢体运动的障碍。
