室间隔缺损与房间隔缺损相比较，一般情况下室间隔缺损更严重。
室间隔缺损如果缺损大，早期会出现左心扩大、肺循环血流量增加明显，临床更容易出现肺炎及心力衰竭，如果缺损位置在肺动脉下，更早会出现肺动脉高压，对生长发育影响大，所以室间隔缺损临床表现严重。室间隔缺损心脏杂音响亮，临床更容易早期发现，得到更早期治疗，预后好。
而房间隔缺损临床一般症状不明显，心脏杂音很轻，容易漏诊。房间隔缺损主要累及右心系统，引起右心扩大，也会引起肺动脉高压，但一般出现比较晚。
