颅内外沟通胆脂瘤主要是以手术切除为主。
手术切除能尽可能的全部切除肿瘤的内容物及肿瘤囊壁，而且还要避免对血管、神经造成损伤，手术分为显微镜下手术和神经内镜下手术。在做手术前需要做详细的影像学检查，影像学检查包括CT和磁共振，影像学检查能很好的判断肿瘤的体积和位置，方便医生制定详细的手术方案。
已经形成了沟通的胆脂瘤必然会破坏正常的颅骨结构，切除肿瘤后还需要把颅骨封闭起来，修复完整，甚至可能需要一些相关的植入材料，手术复杂，犹如整形手术，有时候需要多个相关科室共同完成，其复杂程度相当高，必须要到有专科能力的医院进行治疗。
