自身免疫性肝炎不属于遗传病，但具有遗传倾向，其发病机制中一种理论认为该病是由环境因素诱发遗传易感个体而引起。但基因与自身免疫过程之间的关系还不明确。病毒、药物、草药等被认为是自身免疫性肝炎的诱发因素，但大多数情况下不能确定特定的诱导因素。
有证据提示麻疹病毒、肝炎病毒、单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒、巨细胞病毒和EB病毒是疾病的启动因素，上述病毒感染后可具有较长的潜伏期，可能是因为病毒序列编码的分子类似于宿主蛋白。所以抗体可以针对自身蛋白产生免疫反应。该病虽然有遗传倾向，但环境因素起到一定作用。
