半夜咳嗽有痰的原因如下：
1、上气道感染。通常存在有分泌物，比如鼻腔分泌物，宝宝晚上睡觉时体位发生改变，鼻腔内的分泌物容易流到咽喉部，刺激咽喉部，引起咳嗽有痰症状，晚上迷走神经比较兴奋，气道更加敏感，此时夜间温度较低，气道容易受到冷空气刺激，从而导致咳嗽更加严重。
2、过敏或者气道高反应。宝宝对某种物质过敏容易导致晚上咳嗽严重，通常是因为夜间气道更加敏感，比较常见的疾病有过敏性咳嗽、哮喘等可表现为夜间咳嗽比较剧烈。
