六神丸具有清热解毒，消肿止痛的功效，故可治疗由于热毒引发的咽喉肿痛、口舌糜烂、上火牙痛等症。同时也可用于其它表现为热毒炽盛症状的疾病，如带状疱疹、流行性腮腺炎、扁桃体炎、阴囊湿疹等。因组成六神丸的药物性多属寒凉，如果平常有身体虚寒，咽痛等症如果不属于热症等，不宜运用。还要注意此药不可过量服用，以免引发过敏反应；也不可长期服用，因其中雄黄是砷化物，久服则易导致慢性砷中毒。
