新生儿窒息的后遗症主要是脑细胞不可逆损害，留下神经系统后遗症。
新生儿窒息主要是损害脑细胞，可能会出现神经系统发育异常的情况，主要是出现缺血缺氧性脑病，比如肢体瘫痪、肌张力异常、反射增强、姿势异常以及语言发育落后或者是失语、运动发育迟缓，还可能出现意识障碍、抽搐、听力障碍以及智力低下等，甚至可能会影响正常的寿命。
新生儿窒息后遗症建议积极进行康复治疗，同时进行针灸推拿处理，促进肢体功能恢复，预防肌肉发生废用性萎缩，促进残存功能的发育。
