体积较小的胃间质瘤可以在内窥镜下切除，体积较大的胃间质瘤，有可能需要外科手术切除。但是，所有肿瘤会从小细胞不断长大，一直存活到肿瘤晚期。所以，临床上认为应该尽早消除风险，对非常小的胃间质瘤和高龄患者，定期随访观察；如果肿瘤处于发展缓慢的时期，有的患者通过观察会发现肿瘤半年无变化，或者一年无变化。此类患者间质瘤体积较小，可进行严密监测，若短时间内突然增大，应毫不犹豫地采用外科手段，通过内科微创方法消除，解决后患风险。
建议患者发现患有胃间质瘤的时候，一定要及时诊断，并且根据医生的建议及时治疗，不要延误病情。
