胃间质瘤活检是有一定的危险的，有概率会引起肿瘤瘤体破裂的状况，并且还会引发肿瘤散播的状况。
当进行活检之前是一定要经过检测，在检测没异常之后才能够开展穿刺活检，假如活检的操作不当就会引发肿瘤瘤体破裂的状况，这是非常危险的状况，甚至比较严重的还会使肿瘤在全身散播，所以一定要避免操作不当的行为。
胃基质是源于胃黏膜的下方，通过观测内镜可以看出胃黏膜表面如果是正常的，那就不能开展活检，在与别的胃肿瘤比较时，比如当与淋巴瘤相鉴定时，那就需要活检，而对于一些通过手术切除来开展影像学评估的患者，通常不开展活检。
