尿路感染的致病菌最常见的是肠道阴性杆菌，其中又以大肠杆菌最常见，此外还有产气杆菌、链球菌、克雷伯杆菌、双歧杆菌、金黄色葡萄球菌等，尿路感染常见的途径分为上行感染和血行感染。
上行感染是指病原体通过尿道向上感染膀胱、输尿管和肾盂肾盏，最常见的致病菌是大肠杆菌，一般有尿频尿急的表现；血行途径最常见的是金黄色葡萄球菌，是通过血液到达肾脏引起的感染，一般有全身症状如发热。此外也有直接感染，比如说盆腔脓肿或阑尾脓肿，由于位置毗邻，感染直接蔓延。
