一般来讲，支原体感染后常引起尿道炎，常见症状是尿道白色分泌物增多，可伴有小便刺痛、小便灼热等，属于性传播疾病，主要是通过不洁的性接触传染。衣原体感染可引起非淋菌性尿道炎，临床表现类似淋病，但程度较轻，可表现为尿道瘙痒、刺痛感或烧灼感，少数有尿频、尿痛，检查时见尿道口轻度红肿，分泌物呈稀薄浆液状，量少，有时可呈脓性。而附睾炎、前列腺炎是男性尿道支原体、衣原体感染所致的主要并发症。
衣原体还可引起呼吸道感染。上呼吸道感染时，一般有咽干、咽痛、鼻塞、流涕等症状，有时还会引起发热。下呼吸道感染的症状是发热、咳嗽，最初多为干咳，后期可有痰。
