胃间质瘤相对于其他的良性肿瘤而言，是比较严重的。
胃肠道间质瘤有不同的恶性程度，主要取决于肿瘤组织的核分裂像，其中分裂性越高的恶性程度也就越高，增长速度以及治疗之后复发的几率都会相应有所提高。
而核分裂像比较低的恶性程度也就相对较低，生长速度比较缓慢，部分患者是因为胃部炎症作为首发就诊症状的。胃肠道间质瘤在临床上主要是采取手术治疗，以及靶向药物为主的治疗方式。
胃肠道间质瘤的预后差异比较大，主要取决于肿瘤的发病部位以及其病理类型，免疫组化检查结果等。
