自闭症造成的原因目前还不是特别明确，考虑与遗传因素有很大的关系。
儿童自闭症往往家庭成员中可能有孤独症患者，遗传的概率会明显的增加。染色体异常改变可以导致孤独症，头部某些结构和生理改变也会导致孤独症，男孩或者同卵双胎也会增加患有孤独症的几率。
孕期高危因素，例如孕妇用药，孕妇合并糖尿病或者高血压等疾病，胎儿本身的问题例如胎位不正，出生体重低都可以导致孤独症，生后不良周围环境或者父母年龄过大也会导致孤独症。孤独症可能是多种因素相互作用导致的一种疾病。
