临床上针对慢性非细菌性前列腺炎的治疗方法，主要是药物治疗，常用的药物包括抗生素、α-受体阻滞剂、非甾体类抗炎药物以及植物制剂等，可以有效缓解因疾病引起的疼痛、水肿、排尿困难等不适症状。
药物治疗期间，患者也可以通过微波、体外射频以及直肠激光等物理疗法进行辅助治疗，增加局部药物的浓度，使药效发挥最大的作用。
由于慢性非细菌性前列腺炎的治疗时间比较长，所以若患者出现较为明显的心理障碍时，也需及时在心理医生的指导下进行心理疏导，避免出现抑郁、焦虑等不良反应。
