羊水穿刺的风险不高，一般不会超过1%。
羊水穿刺的风险是导致流产、感染、误穿脐带或胎盘、误伤胎儿等，但是发生的概率一般都比较低，羊水穿刺需要在B超下进行，穿刺时可以避开胎儿和胎盘，降低羊水穿刺的风险。另外羊水穿刺时不需要麻醉，可以避免麻醉药物对胎儿的影响。
羊水穿刺虽然为有创检查，但风险比较低，相对比较安全，患者不用过度担心。如果在怀孕期间唐氏筛查或无创DNA检测提示高风险，有家族遗传病史，都需要羊水穿刺进行染色体核型分析进一步明确诊断。
羊水穿刺后应注意休息，同时放松心情，不要过度焦虑，如确诊为染色体异常需及时引产。
