新生儿消化不良可以暂时观察，加强护理，必要时使用药物进行治疗。具体处理与疾病严重程度以及症状等因素有关。
- 新生儿消化不良如果是轻微的可以暂时观察，同时加强护理，注意腹部保暖，可以在腹部贴一个肚脐贴等，适当按摩腹部以及适当进行被动运动，可以促进肠道蠕动，促进消化吸收。
- 如果是新生儿消化不良出现反复呕吐、腹胀以及腹泻、阵发性哭闹等情况，就建议在医师指导下使用肠道益生菌调节肠道菌群、肠道黏膜保护剂减轻腹泻症状，必要时还需要使用促进消化吸收的药物等。另外，家长需注意观察病情变化情况，建议合理喂养，尤其是少量多餐，避免过度喂养。
