新生儿母乳性腹泻建议合理的进行喂养，必要时适当服用药物进行治疗，甚至是更换配方来进行喂养。
新生儿母乳性腹泻大部分是喂养不当导致的，尤其是过度喂养，建议及时纠正，尽量少量多餐喂养。同时，喂养之后适当的按摩腹部促进消化吸收，降低发生腹泻的概率。如果大便次数过多，可适当服用肠道黏膜保护剂减少腹泻次数，肠道益生菌调节肠道菌群。同时，需要积极防治脱水以及电解质紊乱。
部分新生儿母乳性腹泻可能是对母乳过敏或者是乳糖不耐受，就需要暂停母乳喂养，选择去乳糖奶粉或者是水解奶粉进行喂养。
