肾盂输尿管连接部位梗阻并有结石的病因为肾盂与输尿管连接部位比较狭窄导致的。
当肾盂与输尿管的连接部位由于某些原因(比如：医源性损伤、外伤、局部压迫等)导致狭窄，引起梗阻，导致肾盂积水，使肾尿液不能够通畅的排出，进而尿液当中的高钙物质或者是高草酸物质沉积在肾盂当中从而形成结石。
另外，有些患者本身存在先天性的肾盂与输尿管连接处狭窄情况，引起尿液不能及时排到膀胱，也容易出现梗阻及结石的现象。
当出现肾盂与输尿管连接部位出现梗阻，并且有结石存在时，需要先明确病因，然后进行治疗。
