子宫内膜异位症也有一定的癌变风险，但是恶变的几率较低，通常会低于1%，主要恶变的部位在卵巢。
有研究表明，子宫内膜异位症疾病会增加患者出现子宫内膜样腺癌和透明细胞癌的风险，尤其存在囊肿大于10厘米有明显增加趋势、绝经后复发、卵巢囊肿腔内有实性或乳头样结构、血清CA125明显升高等情况后，要引起高度的重视，要尽快的接受治疗。
子宫内膜异位症属于慢性、且易复发的疾病，所以患者在经过治疗之后，还要定期的前往医院随访观察，防止疾病出现反复发作。
