对于较为严重的子宫内膜异位症患者，通常可以配合医生选择手术的方式治疗，而手术治疗的目的主要是为了切除病灶、减少复发。
通常对于药物治疗后症状没有改善、局部症状加重、较大的卵巢内膜异位囊肿等情况，需要配合医生选择手术的方式治疗。手术的方式主要包括经腹和经腹腔镜两种途径，而手术方式主要包括保留生育功能手术、切除全子宫、双侧附件手术。
大多数患者在经过手术治疗之后，能够得到较好的缓解，部分患者可能会出现复发，所以要定期的随访观察。
