肾小管酸中毒通常无法达到根治的目的。
如果是原发性肾小管酸中毒，通过对症治疗只能改善症状，很难达到治愈的目的。如果是继发性肾小管酸中毒，积极配合医生规范系统的治疗原发疾病后可以痊愈。
由于大多数肾小管酸中毒属于终身性疾病，如果不及时诊断以及给予恰当的治疗，很容易导致患儿发育障碍，严重者还可进展为肾功能不全。
如果发生长期的肾小管酸中毒，还会影响骨骼系统发育，而出现骨骼畸形等后遗症。肾小管酸中毒是因为远端或近端肾小管功能异常，导致的酸化障碍，在治疗后建议定期复诊。
