对于肠水肿的患者没有有效的治疗方法，主要是通过保护肠黏膜达到缓解症状的目的。
治疗肠水肿临床上最常用的药物是黏膜保护剂和质子泵抑制剂，另外也可以使用一些具有调节肠道微生态作用的生物制剂，改善患者的临床症状。找到引起肠水肿的根本原因进行病因治疗，感染严重的需要使用抗生素进行治疗。
在日常生活中要注意养成良好的饮食习惯，规律进食，避免暴饮暴食，忌食刺激性食物和油炸油煎食品，尽量以质软、少渣的流质和半流质饮食为主，以免食物残渣通过肠道时损伤肠黏膜。
