生殖器疱疹的治疗与疱疹的类型有关，没有症状的或者亚临床感染者通常无需药物治疗。
有症状者可以口服及外用药物治疗，口服药物包括抗病毒药物及调节免疫类药物，外用药物除了抗病毒，还有预防创面感染类药物。
疼痛明显者可以在医生指导下口服止痛类的药物缓解症状。此外，也可以采用中医疗法或者食疗、免疫疗法等进行改善。
在治疗生殖器疱疹的期间，患者的性伴侣要同时到医院进行检查或者治疗，以免导致交叉感染。平时要注意缓解压力，保持好心情，提高自身免疫力，以免反复发作。
