溃疡性结肠炎容易和细菌性痢疾、阿米巴性肠炎、克罗恩病、结肠癌、肠易激综合征等疾病相混淆。
阿米巴性肠炎常表现为腹痛腹泻，大便呈果酱样，粪便中可以找到阿米巴滋养体，抗阿米巴治疗有效。
细菌性痢疾可以引起发热、腹痛、脓血便等临床症状，大便培养可找到痢疾杆菌就可以确诊。
克罗恩病在肠镜检查中可以发现铺路石样改变。
结肠癌也可以引起大便次数增多、脓血便等症状，但肠镜活检可以确诊。
肠易激综合征，肠镜检查无器质性改变，大便常规检查正常。
临床上发现腹泻、大便次数增多等情况时，需要及时进行大便常规、大便培养、肠镜、肛门指检等相关的检查，确诊后及时治疗。
