肥厚型心肌病伴房颤的治疗首选药物，必要时行心脏电复律。
肥厚型心肌病和房颤是两种不同的疾病，如果同时存在，则需要同时治疗。这两种疾病可以同时选择药物进行干预，最常见的是β受体阻滞剂或者钙离子通道阻滞剂，这两种药物可以减轻心脏的负荷，解除心室流出道梗阻，这两种药物又可以用于房颤病人的治疗以控制心室率。
其次，肥厚型心肌病伴房颤患者无需CHA2DS2-VASc评分，所有患者均需抗凝治疗。
如果房颤近期发作时间较短，可以考虑药物转复窦律，必要时应用电复律。
