咽鼓管功能不良的病因主要是咽鼓管受到炎症侵袭，影响到咽鼓管的正常功能。咽鼓管是鼻子和耳朵之间的管道，如果受到炎性物质刺激，会导致患者出现鼻炎，尤其是着凉感冒后，病原体会从咽鼓管蔓延至中耳，导致患者咽鼓管发炎。
另外，咽鼓管功能不良的原因还和鼻部、咽鼓管、鼻咽部等部位有病变有关。因为咽鼓管的通道比较狭窄，病变或增生会压迫咽鼓管咽口，堵塞管道，导致咽鼓管开放不好，进而影响咽鼓管功能，出现咽鼓管功能不良。
