淋病菌阴性的治疗，首先要到医院做淋球菌检测，判断是真阴性还是假阴性。如果是真阴性，多是由于经过有效的治疗，患者淋病症状得到改善，再做淋球菌检查时出现阴性，这种情况一般不需要特殊治疗。
如果是假阴性，主要原因与检查方案有关。如果是女性淋病患者同时出现宫颈炎症状，会使检查结果出现假阴性，建议采取淋球菌涂片检查外，结合更加敏感的核酸检测综合判断，避免出现检查结果假阴性。其治疗方法与淋球菌感染的治疗方法相同，主要采取敏感性的抗生素足量、足疗程治疗。
