做肠镜时有一定交叉感染的风险存在，但这种概率极低。
肠镜检查属于有创检查，不同的病人有可能使用同一条内镜，但检查完毕后，都需要经过严格的搓洗、漂洗、消毒、干燥等程序，可以杀死99.99%的细菌，但也难免有落网之鱼，但这种概率极低，所以无需过度的紧张。
肠镜检查是诊断肠道疾病的金标准，如果肠镜检查中发现肠道溃疡、肿瘤等情况时，需要及时地行活检病理来确诊。如果发现小于2cm的长蒂息肉，可以在肠镜下电灼或是摘除手术。
