肝脓肿的治疗，急性期大概需要2-3周左右。
对于体积比较小的肝脓肿，一般采取保守治疗。根据引起肝脓肿的病原体，选用针对性的药物抗感染治疗，疗程一般都是要2-3周左右。体积比较大的肝脓肿，一般都需要在穿刺置管引流或者切开引流的同时，使用药物抗感染治疗，整个疗程一般也在2-3周左右。不过，这里所说的治疗周期指的是急性期的治疗，肝脓肿的患者经过急性期的手术治疗和抗感染治疗后临床症状基本消失，达到临床治愈的效果，基本上就可以停止继续用药。但是，因脓肿造成的充盈缺损，一般都在半年到一年左右才能恢复。
