试管婴儿和自然受孕出生的婴儿，出现畸形的概率没有太大差异，做试管婴儿不会增加宝宝出生后畸形率。试管婴儿的畸形率会受到精子和卵子质量的影响，以及男女双方是否有先天性遗传疾病，包括在怀孕期间母体因素，比如经常接触放射线场所，或者接触化学毒物、使用药物不当等。
目前在临床上有第3代试管婴儿技术，包括植入前遗传学诊断（PGD）和植入前遗传学筛查（PGS），主要是通过对胚胎进行基因检测，从而阻断多种遗传疾病，对于优生优育有非常重要的意义。
