大多数病毒性脑膜炎患者的后遗症可以在半年之内得到恢复，但仍有少部分症状严重的患者将留下终身的后遗症。轻度的病毒性脑膜炎患者一般在7至14天内可自愈，稍严重的脑膜炎患者一般在2至3个月内可康复，多不超过6个月。而对于重度的病毒性脑膜炎患者，则可能出现智力障碍、语言功能障碍及肢体功能障碍等无法恢复的后遗症，可表现为智力的障碍、偏瘫、言语功能障碍、癫痫及肢体感觉异常等。
对于出现不可恢复的后遗症的脑膜炎患者，应给予长期康复治疗，尽可能地恢复部分的生理功能，改善生活质量。
