多囊卵巢综合征主要的危害是会抑制排卵引起不孕，还可能会引起卵巢及子宫内膜病变。
多囊卵巢综合征是常见的内分泌紊乱疾病，通过检查性激素六项提示雄激素偏高以及LH与FSH比值异常。如果不能有效治疗，会抑制排卵，这是女性引起不孕的常见因素，需要通过饮食、锻炼、药物等调控，必要时予促排备孕。
激素水平持续紊乱，还有可能会引起卵巢癌、子宫内膜癌等，尤其是闭经时间较长，反复出现阴道不规则出血者，需要通过检查子宫附件B超或者宫腹腔镜等了解病情情况。早期发现及时治疗可以预防病情恶化。
