间质性肾炎的病因包含很多种，其中药物和感染是最常见的原因。
1、像一些抗生素类的药物，或者是解热镇痛药和一些治疗消化性溃疡的药物，甚至某些利尿药等药物的代谢过程会对肾脏造成影响，会导致肾间质水肿以及炎细胞的浸润。一些中草药也会导致间质性肾炎。
2、感染因素包括一些常见的细菌和病毒、螺旋体以及尿道感染或者是肾盂肾间质感染，结核，真菌感染。
3、其他免疫因素，包含免疫结缔组织病也会促使一些免疫细胞来攻击身肾脏，导致自身肾间质的病变。
